Sie ist nötig, wenn Kariesbakterien die gesamte Pulpa (Zahnmark) und die Zahnwurzel befallen haben oder wenn der Zahn aufgrund eines Traumas geschädigt ist.

Die häufigste Behandlung in der Endodontie ist die Wurzelkanalbehandlung.

Die Pulpahöhle (also der Zahninnenraum) verzweigt sich hier allerdings in zahlreiche feinste Wurzelkanäle in denen sich Bakterien gut verstecken können.

Um diesen Bereich zu sanieren ist daher eine aufwendige Behandlung nötig.

Da die Zahnwurzel die beste Verankerung im Knochen darstellt, ist man bestrebt die Wurzel mit diesen Verfahren zu erhalten und den Zahn anschließend für die Weiterbehandlung aufzubauen. Entgegen verbreiteter Meinungen ist eine Wurzelkanalbehandlung bei ausreichender Anästhesie schmerzfrei realisierbar.